Sebelum itu, Baghdad di perintah oleh Sultan Ahmad dari Kesultanan Jalayirid, pemerintah barat Parsi. Baghdad jatuh ke tangan Timurlane pada musim panas 1393 tanpa tentangan yang kuat setelah Sultan Ahmad melarikan diri dari Baghdad. Timurlane melantik gabenornya untuk memerintah Bahgdad, walau bagaimana pun tidak dapat bertahan lama setelah diserang oleh Sultan Ahmad pada tahun 1394.
Pada tahun 1400 Timurlane kembali dalam kempen ketenteraanya di Anatolia dan Syria. Takut Timurlane akan ke selatan, Sultan Ahmad telah menyerahkan pemerintahan kepada Amir Faraj salah seorang jeneral tenteranya dan dia sendiri menjadi pelarian di Kerajaan Othmaniyah.
Pada musin luruh 1401, Timurlane telah sampai di Mosul dan pada Mei dia menghantar sebahagian tenteranya ke Baghdad. Bagaimanapun tenteranya kalah kepada Amir Faraj dengan bantuan tentera Turki yang dipanggil Kara Koyunlu dan Badwi. Kara Koyunlu adalah puak Orghuz Turki penganut Syiah yang juga dikenal sebagai Kambing Hitam Turki. Timurlane sekali lagi menghantar tenteranya dan sekali lagi gagal. Kemudian dia sendiri telah ke Baghdad, mengepungnya selama 40 hari. Pada 9 Julai 1401, Timurlane berjaya memasuki Kota Baghdad dan membuat serangan ganas dengan memusnahkan kota, bangunan-bangunan termasuk masjid dan membunuh hampir semua penduduk Baghdad lelaki, wanita dan kanak-kanan kecuali alim ulamak.Timurlane meninggalkan Baghdad setelah memusnahkannya tanpa meletak gabenornya.
Setelah Timurlane pergi, Sultan Ahmad kembali ke Baghdad bersama dengan Qara Yusuf ketua Kambing Hitam Turki kerana takutkan ancaman tentera Chagatai pada tahun 1402. Bagaimanapun Sultan Ahmad telah di khianati oleh Qara Yusuf dan dia melarikan diri kali kedua ke Mamluk dan dipenjarakan disana kerana takut kepada Timurlane. Pada tahun 1403 Qara Yusuf diserang oleh tentera Timurlane dan dia melarikan diri dari Baghdad dan meinta perlindungan dengan Mamluk dan dipenjaran di sana. Sultan Ahmad dan Qara Yusuf bertemu dipenjara dan membuat perjanjian lagi dengan Sultan Ahmad akan mengambil Parsi dan Qara Yusuf pula akan mengambil Azerbaijan.
Setelah kematian Timurlane pada tahun 1405, Sultan Mamluk Nasir-ad-Din Faraj telah melepaskan Sultan Ahmad yang kembali ke Bahgdad dan Qara Yusuf pula menetap di Tabriz, Azerbaijan. Disamping perjanjian yang dibuat, Sultan Ahmad telah menyerang Tabriz, menang dan bertahan disana bagaimanapun dikalahkan semula pada tahun 1410. Dia telah ditangkap oleh Qara Yusuf dan dibunuh. Kara Koyunlu menawan Bahgdad setahun kemudian dan Jalayirid melarikan diri ke selatan yang kemudian mengakhiri Dinasti Jalayirid pada tahun 1432.
Kara Koyunlu, Syiah Turki memerintah Baghdad dari tahun 1432 hingga 1468. Diambil alih oleh Ak Koyunlu, Sunni Turki yang juga dikenali sebagai Kambing Putih Turki yang dipimpin oleh Uzun Hasan. Pada tahun 1458 Uzun Hasan berkahwin denganTheodora Megale Komnen puteri Byzantine yang beragama Kristian ortodok, anak kepada Emperor John IV of Trebizod dikenali juga sebagai Despina Khatun. Anak mereka Halima berkahwin dengan Sultan Haydar Safavid dan menjadi ibu kepada Shah Ismail kerajaan Syiah Safavid. Hampir semua pemerintah Ak Koyunlu berkahwin dengan puteri Byzantine dan mempunyai hubungan baik dengan pemerintah Kristian Rom.
Pada tahun 1502 pemerintahan Ak Koyunlu berakhir dikalahkan oleh kerajaan Safavid Syiah di pimpim oleh Shah Ismail. Pada tahun 1534, Baghdad telah ditawan oleh Sultan Sulayman dari Kerajaan Othmaniyah. 90 tahun kemudian, iaitu tahun 1623 Baghdad ditawan oleh kerajaan Safavid, Abbas I of Persia. Kemudian pada tahun 1638, Sultan Murad IV dari Kerajaan Othmaiyah menawan kembali Baghdad. Iraq jatuh ke tangan British di bawah kerajaan Othmaniah pada tahun 1917.
